Στην τροποποίηση του προγράμματος της Πέμπτης 22 Σεπτεμβρίου λόγω της 4ωρης στάσης εργασίας την από τις 12:30 – 15:30, που εξήγγειλαν οι Ελεγκτές Εναέριας Κυκλοφορίας, συμμετέχοντας στη απεργία που έχει εξαγγείλει η ΑΔΕΔΥ, προχώρησε η Aegean Airlines με την αλλαγή της ώρας αναχώρησης πολλών πτήσεων και με την ακύρωση κάποιων άλλων. 
Τροποποίηση προγράμματος Πέμπτη, 22 Σεπτεμβρίου 2011 
Η AEGEAN αναγκάζεται να ακυρώσει 16 σκέλη πτήσεων ως κάτωθι: 
    
        
            | 
             A3 108 
             | 
            
             A3 109 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             THESS/NIKI 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
        
            | 
             A3 402 
             | 
            
             A3 403 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             KERKYRA 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
        
            | 
             A3 316 
             | 
            
             A3 317 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             HERAKLION 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
        
            | 
             A3 336 
             | 
            
             A3 337 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             CHANIA 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
        
            | 
             A3 716 
             | 
            
             A3 717 
             | 
            
             THES/NIKI 
             | 
            
             MITILINI 
             | 
            
             THESS/NIKI 
             | 
        
        
            | 
             A3 116 
             | 
            
             A3 117 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             THESS/NIKI 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
        
            | 
             A3 454 
             | 
            
             A3 455 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             KALAMATA 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
        
            | 
             A3 126 
             | 
            
             A3 127 
             | 
            
             ATH 
             | 
            
             THESS/NIKI 
             | 
            
             ATH 
             | 
        
    
 
Παράλληλα η Aegean Airlines αναγκάζεται να αλλάξει την ώρα αναχώρησης σε 19 σκέλη πτήσεων του εξωτερικού δικτύου και σε 14 σκέλη πτήσεων του δικτύου εσωτερικού 
Η Aegean Airlines θα προσπαθήσει να επικοινωνήσει με τους περισσότερους επιβάτες των ως άνω ακυρωμένων πτήσεων προκειμένου να τους προωθήσει σε άλλες πτήσεις του δικτύου της καθώς και να τους ενημερώσει για τις αλλαγές στις ώρες αναχώρησης. 
Για περισσότερες πληροφορίες οι επιβάτες θα πρέπει να επισκέπτονται το site της AEGEAN www.aegeanair.com