Συνεχης ενημερωση

    Σάββατο, 23-Ιουλ-2022 08:21

    Πώς θα βρεθούμε ένα βήμα μπροστά από τον ιό

    Πιο μεταδοτική και από την Όμικρον 5 η νέα παραλλαγή Κένταυρος
    • Εκτύπωση
    • Αποστολή με email
    • Προσθήκη στη λίστα ανάγνωσης
    • Μεγαλύτερο μέγεθος κειμένου
    • Μικρότερο μέγεθος κειμένου

    Του Riley Griffin 

    Καθώς οι φαρμακευτικές εταιρείες πασχίζουν να παρακολουθήσουν τον ταχέως μεταλλασσόμενο κορονοϊό, μια εταιρεία startup στο Κέμπριτζ της Μασαχουσέτης, υποστηρίζει ότι μπορεί να τις βοηθήσει χρησιμοποιώντας τεχνητή νοημοσύνη για την πρόβλεψη των μελλοντικών μεταλλάξεων. Η Apriori Bio εκπονεί μοντέλα των τρόπων με τους οποίους μπορεί να αλλάξει ο ιός και προβλέπει το πώς θα συμπεριφερθεί. Η εταιρεία λέει ότι αξιοποιεί την σχετική πληροφορία, ώστε να σχεδιάσει εμβόλια "οχυρωμένα έναντι των μεταλλάξεων" και θεραπείες τόσο για τα τωρινά όσο και για τα μελλοντικά στελέχη – προσφέροντας στις κυβερνήσεις έγκαιρη προειδοποίηση, του τύπου του συναγερμού για κυκλώνες, που θα καθοδηγούν τις αποκρίσεις δημόσιας υγείας.

    Αφότου εκλέπτυνε το τεχνολογικό της προϊόν, ονόματι Octavia, για περισσότερο από δύο χρόνια, η νεοφυής επιχείρηση το λανσάρει επίσημα με χρηματοδότηση 50 εκατ. δολαρίων από τη Flagship Pioneering, τη "θερμοκοιτίδα" πίσω από τη Moderna. Μιλήσαμε με τη Λόβιζα Αφτσέλιους, ειδικό της υπολογιστικής χημείας και βετεράνο της Pfizer, η οποία είναι συνιδρύτρια και εκτελεστική διευθύντρια της Apriori.

    Ποιο πρόβλημα επιδιώκει να επιλύσει η Apriori;

    Αυτή τη στιγμή ο ιός έχει το πάνω χέρι. Οι λοιμώξεις έχουν ταλαιπωρήσει την ανθρωπότητα τόσο πολύ και για τόσο καιρό που μοιάζει να έχουμε αποδεχθεί αυτόν τον συσχετισμό ισχύος. Θα έπρεπε εμείς να έχουμε το πάνω χέρι. Πρέπει να είμαστε προετοιμασμένοι.

    Γιατί είναι τόσο δύσκολο να προβλέψουμε πώς θα αλλάξει ένας ιός;

    Αν συγκρίνετε την αρχική μορφή του SARS-CoV-2 με την παραλλαγή Όμικρον, μεσολαβούν 30 μεταλλάξεις. Αν κάνετε όλες τις πιθανές μετατροπές των πιθανών παραλλαγών, καταλήγετε με τον αριθμό των ατόμων στο σύμπαν. Μολονότι πολλοί προσπάθησαν να προβλέψουν ποια θα είναι η επόμενη παραλλαγή, είναι αδύνατον να το επιτύχουν. Η τεχνητή νοημοσύνη μπορεί να βοηθήσει.

    Τι κάνει το σύστημά σας;

    Μας επιτρέπει να εξετάζουμε κάθε ακολουθία και να καθορίσουμε το "προφίλ απειλής" της. Αυτή η πληροφορία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την έγκαιρη προειδοποίηση και να απαντήσει ερωτήσεις όπως "Θα έπρεπε να επιβάλουμε λοκντάουν;" ή "αν έχεις εμβολιαστεί, υπάρχει οχύρωση απέναντι σε αυτή την παραλλαγή;". Μπορούμε επίσης να αντιστρέψουμε τη διαδικασία και να σχεδιάσουμε εμβόλια "οχυρωμένα στις παραλλαγές" και θεραπείες αντισωμάτων. Και μπορούμε να τη χρησιμοποιήσουμε για να δούμε το επίπεδο απειλής που αντιμετωπίζουν άνθρωποι με καρκίνο ή αυτοάνοσα νοσήματα ή HIV και να αποφασίσουμε τη θεραπεία που χρειάζονται.

    Πώς ακριβώς έφθασε η Octavia σε αυτή τη σύλληψη;


    Κοιτάμε τον ιό και ταυτοποιούμε στελέχη μέσα στα χρόνια για να δούμε πώς εξελίσσονται. Απομονώνουμε μια πρωτεΐνη-κλειδί και την χρησιμοποιούμε για να δημιουργήσουμε βιβλιοθήκες εκατομμυρίων συνθετικών παραλλαγών. Το σύστημα μπορεί να ελέγξει πώς η κάθε παραλλαγή ταιριάζει σε αντισώματα που γεννώνται ως αντίδραση σε μία λοίμωξη ή ένα εμβόλιο ή σε αυτά που μεταδίδονται φαρμακευτικά. Αυτά τα τεστ γεννούν δισεκατομμύρια data points και χρησιμοποιούμε τεχνικές μηχανικής εκμάθησης για να οικοδομήσουμε μοντέλα. Η τεχνητή νοημοσύνη είναι εξαιρετικά ισχυρό εργαλείο για να προβλέψουμε πώς θα συμπεριφέρονταν οι παραλλαγές στην πραγματική ζωή και για να καθορίσουμε ποιες αποτελούν μεγαλύτερη απειλή.

    Τι είναι μια συνθετική παραλλαγή; Και ποιος πραγματοποιεί τα τεστ;

    Είναι ένας τεχνητός ιός. Έχουμε μια υπολογιστική ομάδα ενσωματωμένη σε μια πειραματική ομάδα και ανατρέχει στα συστήματά μας για να ελέγξει αν υπάρχει κάποια πιθανότητα αυτοί οι τεχνητοί ιοί να υπάρξουν.

    Πόσο γρήγορα μπορεί το Octavia να αξιολογήσει μια παραλλαγή;

    Το Octavia υπολογίζει το ρίσκο μιας νέας παραλλαγής SARS-CoV-2 εντός δευτερολέπτων. Εισάγουμε την ακολουθία της νέας παραλλαγής και η μηχανή αυτόματα εκδίδει μιαν εκτίμηση του πόσο καλά αυτή θα μπορούσε να προσκολληθεί στον ανθρώπινο υποδοχέα και του πόσο προβλέπεται να διαφύγει των αντισωμάτων. Εάν η ακολουθία βρίσκεται έξω από το τρέχον πεδίο του μοντέλου μας, παράγουμε περισσότερα δεδομένα για να διευρύνουμε το μοντέλο, και αυτό μπορεί να πάρει από εβδομάδες έως μήνες.

    Σας ανησυχεί ότι αυτή η πληροφορία θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως όπλο για σκοτεινούς σκοπούς;

    Έχουμε εστιάσει στη βιο-ασφάλεια από τη στιγμή που συνειδητοποιήσαμε ότι μπορούσαμε να προβαίνουμε σε προβλέψεις που έχουν νόημα βιολογικά. Έχουμε έρθει σε συνεργασία με εξωτερικούς εμπειρογνώμονες για να μας βοηθήσουν να υλοποιήσουμε, ελέγξουμε και ενισχύσουμε την ασφάλεια που χρειαζόμαστε, μολονότι δεν εργαζόμαστε με ιικό υλικό.

    Έχετε προωθήσει κάποια από τις ανακαλύψεις σας σε κυβερνήσεις ή στην αδελφή εταιρεία σας Moderna;

    Έχουμε μοιραστεί πληροφορίες με πολλές ισιωτικές και δημόσιες οντότητες στις ΗΠΑ και τη Βρετανία, πιστεύοντας ότι η πανδημία αυτή αποτελούσε μία κατάσταση στην οποία ήταν σημαντικό να το κάνουμε. Από την άποψη της έγκαιρης προειδοποίησης, πιστεύουμε ότι πολλά διαφορετικά μέρη επιθυμούν να κατανοήσουν την εκτίμηση ρίσκου των αναδυόμενων παραλλαγών.

    Αναπτύσει η Apriori κάποιο δικό της εμβόλιο ή θεραπευτική διαδικασία;

    Έχουμε μια πλήρως ανεπτυγμένη γκάμα προκλινικών δραστηριοτήτων. Κρατάμε όλες τις επιλογές ανοικτές. Το SARS, η γρίπη και ο HIV είναι οι περιοχές όπου εργαζόμαστε.

    Ποιο είναι το πιο σημαντικό μάθημα που πήρατε από την ανάπτυξη αυτής της πλατφόρμας;

    Οι πειραματικές μας ικανότητες και η κατανόηση της μηχανικής εκμάθησης βρίσκονται σε μια κρίσιμη καμπή, όπου μπορούμε να προπορευθούμε του ιού. Αυτό δεν μπορούσε να γίνει τον καιρό της Ισπανικής Γρίπης. Πρέπει να αδράξουμε την ευκαιρία.

     

     

    Διαβάστε ακόμα για:

    ΣΑΣ ΑΡΕΣΕ ΤΟ ΑΡΘΡΟ;

    ΣΧΕΤΙΚΑ ΑΡΘΡΑ